Épisode 1 : Le jour où le démon vint au monde.

Sept ans après la fin de la guerre, Lelouch est un lycéen britannien. Avant de se rendre en cours, il joue une partie d’échec contre un noble et bat son record de vitesse de victoire, raflant aussi la mise en argent de la partie. Il repart accompagné de son ami Rivalz à moto.

Sur le chemin, ils croisent la route d’un camion de terroristes en fuite, à bord duquel se trouvent Nagata et Karen, qui déplore que malgré la réussite du vol, leur complice Tamaki n’ait pas suivi le plan de Naoto.

Le troisième prince Clovis donne un discours télédiffusé dans toute la ville, à la mémoire des Britanniens tués dans le dernier attentat commis par des terroristes Elevens. Il témoigne sa tristesse por ces morts et son amour pour tous les habitants du pays mais il entend faire régner l’ordre dans la Zone 11 sous sa direction. Un capitaine vient après son discours l’avertir d’un problème, Clovis décide de déployer sa garde et ses Kightmares pour régler le problème.

Nagata et Karen, qui roulaient derrière Rivalz et Lelouch, dévient vers une impasse et s'écrasent contre un bâtiment. Lelouch décide d’aller leur porter secours et s’approche du camion. Ne pouvant accéder à la cabine de conducteur, il tente de passer par l’échelle menant à la cargaison afin d’atteindre les passagers. Nagata reprend toutefois la route, emportant Lelouch qui ne trouve comment fuir. Soudain, il entend les forces de l’ordre sommer le camion de s’arrêter. Karen monte alors dans un Knightmare de modèle Glasgow qu’ils transportaient pour les affronter. Mais face à un modèle Sutherland plus récent et évolué piloté par son opposant, elle n’a aucune chance. Une autre pilote de Knightmare tire sur Nagata qui change de direction.

Un responsable du corps spécial vient voir le capitaine de garde, ayant compris avec son assistante que les terroristes dans leur action, ont dérobé un bien secret du prince Clovis. Il propose son concours pour récupérer la chose.

Nagata avance dans un ancien couloir de métro. Des soldats Elevens intégré à l’armée sont envoyés le traquer. Nagata, gravement blessé par balle, ne peut toutefois plus avancer, il active un signal à l’attention d’Ōgi et ouvre la porte de la cargaison du camion. Un premier soldat arrive et y trouve Lelouch, qui était coincé. Il se révèle être Kururugi Suzaku, ami d’enfance de Lelouch, ce dernier est stupéfait de voir son ancien ami engagé dans l’armée. Puis tous deux découvrent que ce les terroristes ont volé n’était pas une arme chimique mais une mystérieuse jeune fille.

Karen de son côté a dû prendre la fuite.

Un chef d’unité arrive à son tour dans le couloir de métro. Il ordonne à Suzaku de tuer Lelouch, qu’il considère en terroriste, mais Suzaku prend sa défense, affirmant qu’il est un citoyen impliqué malgré lui. Le chef tue Suzaku pour son insubordination et veut en faire de même avec Lelouch pour récupérer la jeune fille. Nagata, agonisant, fait exploser le camion. Lelouch en profite pour fuir avec la fille.

Clovis veut à tout prix masquer l’attentat et le vol qui vient d’être commis par les terroristes, de peur d’être déshérité pour cette bévue. Il ordonne alors à l’anéantissement du ghetto de Shinjuku en vue de faire à une volonté de restructuration d’une partie de la ville. L’armée se déploie et commence à exterminer la population du quartier.

Lelouch et la fille tentent de fuir mais les soldats le retrouvent à une sortie. Le chef s’apprête à tuer Lelouch, mais la jeune fille s’interpose et reçoit en pleine tête la balle tirée par le militaire. Alors qu’elle s’écroule au sol, elle agrippe la main le Lelouch et lui parle directement dans sa tête : elle lui propose de passer un contrat, lui offrant ses pouvoirs en l’échange de quoi il devra se battre pour une autre cause que celle d’humains. Il a alors la vision d’un groupe d’hommes, parlant de la "jonction de Ragnarök" sur le point de se répéter. Il accepte l’offre de la jeune fille et obtient un pouvoir lui permettant de soumettre à sa volonté les autres. Il ordonne ainsi aux soldats qui allaient l’exécuter de se suicider, ce qu’ils accomplissent.