Tome 2

Il y a plusieurs années, le roi des voleurs dur condamné à l'exil dans le monde des ombres. Un événement que Zelda se remémore aujourd'hui, adulte, alors qu'elle est enfermée dans un tour.

Link s'éveille enfermé dans une cellule, en compagnie d'une drôle de fille, Midona. Elle lui montre qu'il est devenu un loup après être passé dans le monde du crépuscule, contrairement aux autres humains qui deviennent des lueurs. Elle lui propose de le sortir de là s'il lui obéit. Au début réticent, Link y consent quand Midona lui fait une démonstration de force et qu'il constate qu'il n'a pas d'autres options.
Une fois dehors, il se rend compte qu'il se trouvait dans le château d'Hyrule. Midona conduit Link jusqu'au donjon de Zelda. Une rencontre bouleversante pour Link qui aurait préféré la rencontrer sous forme humaine, lui qui a tant travaillé pour devenir chevalier. Zelda reste recluse dans le château, observant son royaume désolé et expiant sa faute. Quand Xanto avait envahi le monde de la lumière, Zelda avait refusé de se rendre, ce qui engendra beaucoup de souffrance à son peuple. Midona abrège le dialogue et demande à Zelda où trouver les cristaux d'ombre. Zelda lui indique la forêt de Firone quand soudain, des démons les attaquent. Link se charge de les tuer et impressionne Midona. Mais il s'en va, honteux de se montrer à Zelda sous forme bestiale.

Pendant ce temps, Iria reste hermétique aux tentatives d'approche du démon qui l'a enlevée, espérant le retour de Link. Le démon, qui ne connaît que la loi du plus fort, demeure dans l'incompréhension.

Link et Midona, cachée dans l'ombre de Link, visitent dans une clairière où un esprit des déesses de la lumière nommé Latouane charge Link de sauver les autres esprits de la lumière dans le domaine du crépuscule. Étant le seul humain resté un être de chair, il est forcément un élu.
Link tente une approche de son village et voit que certains ont survécu. Bien sûr ils ne le reconnaissent pas sous sa forme de loup, bien que Moï ait été perplexe en le voyant. Il croise ensuite Lou, un chat du village qui lui apprend que bon nombre d'animaux ont dû fuir la forêt et espèrent pouvoir revenir.

Link et Midona se rendent ensuite dans la forêt de Firone, dans le domaine du crépuscule. Mais ils sont confrontés à un singe alpha de son groupe qui a perdu la raison à cause de parasites et qui est prêt à tout pour garder sa place de chef. Link tente de l'affronter, car il blesse même les singes de son groupe mais il est vaincu. Midona vient en aide à Link et déverrouille en lui des sens dont il ne connaissait pas l'existence. Il devient capable de voir les parasites invisibles qui contrôlent le singe alpha. Avec le soutient de Midona, il détruit les parasites et retrouve sa forme humaine, avec son épée et vêtu d'une tenue verte nouvelle. Midona se cache subitement dans son ombre, trop affectée par la lumière de Link. Ce dernier récupère le boomerang du singe alpha qui contenait une fée des vents, qui veut combattre en guise de remerciement. Il affronte ensuite le démon Dionéa, la source des ombres dans cette forêt. Il en triomphe et obtient un cristal d'ombre, que Midona s'empresse de récupérer.
La victoire de Link a aussi libère ainsi l'esprit de lumière Firone. Ce dernier lui indique la montagne du feu et les profondeurs du lac où se trouvent d'autres esprits corrompus de la lumière. Les profondeurs du lac renferment aussi un pouvoir obscur interdit mais nécessaire pour sa mission héroïque. Link, en proie à un désarroi, renie le statut de héros qu'on veut lui attribuer, étant donné qu'il n'a pas réussi à sauver son village, qu'il ne cherchait qu'à retrouver son apparence humaine en suivant les directives de Midona.