Épisode 1 : Puella Magi Madoka Magica - Film 1: Au commencement

Au collège, une nouvelle élève arrive dans la classe de Kaname Madoka: Akemi Homura. Elle prend Madoka à part et lui recommande vivement de ne jamais oublier ce à quoi elle tient, quoi qu'il arrive. Madoka, étonnée que cette inconnue lui parle comme ça de but en blanc, en parle à ses deux amies. Mais elle pense l'avoir vue dans son rêve la veille.
Après les cours, Madoka et Miki Sayaka vont chez le disquaire. Madoka entend une voix dans sa tête l'appelant au secours. Elle suit la voix et trouve un animal blessé, dans des grands couloirs sombres semblables à ceux d'une usine. Elle tombe aussi sur Homura, dans une drôle de tenue. Homura semble hostile et veut récupérer la bête, mais Madoka la protège. Puis Sayaka la rejoint et l'aide à s'enfuir mais elle tombe au beau milieu d'une vision cauchemardesque incompréhensible. Une fille de leur collège vient les sauver, Tomoe Mami, qui possède des pouvoirs magiques. À l'aide de dizaine de pistolets qu'elle manipule par télékinésie, elle détruit cette dimension. Homura les retrouve et Mami qui la connaît, l'invite poliment à déguerpir.
La petite créature reprend ses esprits. Nommée Kyubey, elle les remercie pour le sauvetage. Ils se rendent chez Mami où Kyubey propose à Madoka et Sayaka de devenir des Puella Magi, chargée de combattre les sorcières, ces êtres nés du désespoir qui enveniment la misère dans le monde. Les sorcières demeurent cachées aux yeux des gens normaux, vivant dans des distorsions de l'espace comme elles ont vu auparavant. Seules les Puella Magi, puisant leur pouvoir son leur Soul Gem, peuvent les combattre. Kyubey en contrepartie peut accomplir n'importe lequel de leurs souhaits.
Sayaka passe voir à l'hôpital un garçon qu'elle aime à qui elle offre un CD.
Le lendemain, tandis que Sayaka discute avec Madoka du souhait qu'elle voudrait faire, Homura passe les voir. Son intention était d'empêcher Kyubey de trouver Madoka mais c'est désormais trop tard.
Madoka et Sayaka retrouvent Mami qui les briefe pour leur mission d'essai en tant que Puella Magi. Elles interceptent et sauvent une femme qui se jetait du haut un d'un grand bâtiment. Son cou porte une marque de sorcellerie. Elles pénètrent ensuite dans l'espace altéré pour dénicher la sorcière. Mami enchante la batte de baseball que Sayaka avait apportée afin de lui permettre de se défendre. Elles accèdent au coeur de l'espace altéré où Mami se charge d'en détruire le coeur. Elle récolte le Grief Seed, l'oeuf de sorcière qui provoquait ces perturbations. Homura les observait mais elle refuse de faire équipe avec elles.

Le jour suivant, Madoka et Sayaka découvrent accroché sur un mur un Grief Seed. N'ayant pas le numéro de Mami, Sayaka veut rester au Grief Seed pour ne pas avoir à le chercher dans le labyrinthe de la dimension altérée. Kyubey restera avec elle. Madoka chercher Mami et revient elle. Elles pénètrent dans l'espace altéré mais elles sont suivies par Homura. Mami la piège et l'immobilise, ne voulant pas de sa compagnie indésirable. En chemin vers le centre, Madoka dit à Mami qu'elle l'admire et devenir une Puella Magica réaliserait son voeu, elle qui se considère comme une bonne à rien. Mami lui demande de réfléchir sérieusement à son voeu le temps qu'elles en terminent avec la sorcière actuelle. Elles retrouvent Sayaka et Kyubey pile poil à temps. Mami affronte les créatures présentes. Alors qu'elle pensait en finir avec son coup le plus puissant, Tira Finale, elle se fait dévorer. Homura, libérée, termine le travail à sa place et récupère le Grief Seed.

Le jour suivant a un goût amer pour Madoka et Sayaka suite à la perte de Mami. Kyubey s'en va, ne voulant pas les forcer à embrasser la voie des Puella Magi.
Le soir, Madoka croise Homura et parlent ensemble. Mami n'avait plus de famille proche et il faudra du temps avant qu'elle soit portée disparue. Madoka, attristée, se jure de ne jamais oublier Mami et tout ce qu'elle a accompli.
Sayaka rend de nouveau visite à Kyôsuke. Ce dernier a un accès de désespoir à l'idée de ne plus jamais pouvoir jouer du violon depuis que son bras a été paralysé. Sayaka prend sa décision.
Madoka croise son amie Shizuki Hitomi qui porte une marque de sorcellerie. Elle l'accompagne, craignant le pire. De nombreuses autres personnes broyant du noir se joignent à la marche. Ils se réunissent dans un hangar où ils s'apprêtent à tout incendier pour un suicide collectif. Voyant que Madoka ne compte pas mourir, ils s'avancent dangereusement vers elle. Puis elle se fait engloutir dans un espace altéré. Sayaka la sauve, devenue une Puella Magi. Elle remporte sa première victoire et le Grief Seed. Sayaka exprime à Madoka sa fierté à être devenue une Puella Magica et regrette de n'avoir pas pris sa décision plus tôt, ce qui aurait pu sauver Mami.
Sayaka va ensuite voir Kyôsuke à l'hôpital qui a retrouvé l'usage de son bras et de ses jambes. Un miracle à ses yeux et à ceux des docteurs. Ses parents viennent le voir et lui apportent son violon.

Alors que Sayaka allait partir en patrouille, Madoka lui demande de l'accompagner. Sayaka accepte, heureuse du soutien de sa présence et se mettent en route. Elles trouvent un autre espace altéré qu'elles explorent. Mais elles sont interrompues par une autre Puella Magi qui les expulse. L'espace altéré avait été généré par un familier, qui ne deviendra sorcière qu'après avoir tué quelques personnes. Cette nouvelle arrivante met Sayaka à terre, désirant s'emparer du Grief Seed une fois qu'il aura accumulé plus de pouvoir, ce qui signifie un plus gros gain pour elle. Sayaka se relève, dégoûtée par cette mentalité et la combat. Madoka était sur le point de passer un contrat avec Kyubey pour les arrêter, Homura arrive in extremis et s'interpose entre Sayaka et cette autre Puella Magi, Sakura Kyôko. Elle assomme Sayaka qui ne voulait rien lâcher et Kyôko préfère se retirer par méfiance.
Homura la rejoint plus tard pour lui demander de ne pas interférer d'ici à l'arrivé de La Nuit du Walpurgis qu'elle compte éliminer elle-même. Elle lui laissera le champ libre après.
À une heure plus avancée de la soirée, Kyôko vient provoquer Sayaka. Homura ne tarde pas à les rejoindre, voyant que Kyôko n'a pas tenu parole. Soudain, Madoka vole à Sayaka sa Soul Gem et la lance au loin, elle tombe sur le toit d'un camion en route. Elle voulait priver Sayaka de ses pouvoirs et l'empêcher de se battre inutilement. Sayaka s'écroule au sol et Homura se précipite à la poursuite du camion à l'aide de son pouvoir. Kyubey explique à Madoka que la Soul Gem contient l'esprit des Puella Magi, tandis que leur corps humain n'est rien de plus qu'un réceptacle, capable de guérir de n'importe quelle blessure tant que la Soul Gem reste intacte; un procédé visant à pallier la faiblesse du corps humain. Kyôko elle-même n'était pas au courant. Homura ramène la Soul Gem et Sayaka reprend ses esprits comme si de rien n'était.
Le lendemain au lycée, Madoka parle à Homura qui savait pour la Soul Gem. Homura lui dit de lâcher prise car il n'y a aucun moyen pour une Puella Magi de redevenir humaine et seul le pouvoir contenu dans une Grief Seed permet de maintenir en vie la Soul Gem.
Kyôko donne rendez-vous à Sayaka dans une église en ruine. Elle lui raconte son histoire: elle est devenue une Puella Magi pour exaucer le voeu de son père qui voulait fonder une nouvelle foi plus juste et plus positive offrant un avenir plus radieux à l'homme. En passant le pacte, elle avait souhaité qu'il obtienne des fidèles mais il finit par découvrir la chose et la traita de sorcière. Puis, dépressif, il se suicida avec le reste de la famille. Kyôko décida alors de n'utiliser son pouvoir que pour elle-même, voyant ce que sa générosité a donné. Aujourd'hui elle voulait empêcher Sayaka de commettre la même erreur qu'elle. Sayaka la comprend mais elle ne regrette rien du voeu qu'elle a formulé pour Kyôsuke et compte poursuivre le combat comme elle l'entend.

Le lendemain, Kyôsuke fait son retour au lycée, marchant avec des béquilles. Au déjeuner, Hitomi confie à Sayaka qu'elle est amoureuse de Kyôsuke et veut s'assurer que ce n'est pas le cas pour elle pour ne pas lui causer de tort, elle se déclarera le jour d'après. Le soir, Madoka trouve Sayama en larme, elle qui se voit désormais comme une zombi et qui ne veut rien tenter pour gagner le coeur de Kyôsuke dans cet état. Un nouveau Gried Seed apparaît, Sayaka se jette à corps perdu dans le combat, ignorant les risques et les coups qu'elle reçoit. Elle tue la sorcière et remet le Grief Seed à Kyôko qui l'avait aidée afin de n'avoir aucune dette envers elle. Madoka en pleurs, tente de raisonner Sayaka pour qu'elle ne se comporte plus aussi dangereusement mais Sayaka la rejette, refusant de recevoir des leçons de quelqu'un qui n'est pas une Puella Magi et qui reste sans rien faire.
Pendant une réunion entre Kyôko et Homura, Kyubey se pointe et leur annonce que Sayaka risque d'atteindre le point de non-retour à accumuler la fatigue et des pensées noires. Homura chasse Kyubey à présent qu'il a dit ce qu'il avait à dire.

Jour suivant, Hitomi se déclare à Kyôsuke, ils sympathisent bien et Sayaka se bat contre une nouvelle sorcière de toute sa rage. Dans le métro, Sayaka entend deux hommes parler des femmes comme des moins que rien, ce qui attise la colère noire de Sayaka.
Madoka parle avec Kyubey qui lui dit qu'elle a le potentiel d'une déesse. Avant que Madoka passe un contrat avec Kyubey pour rendre à Sayaka son statut d'humain normal, Homura intervient encore et tue Kyubey. Elle ne peut plus supporter l'idée que Madoka veuille se sacrifier sans égard pour elle-même. Madoka se souvient alors qu'elle a déjà rencontré Homura, mais pas des circonstances. Cependant, elle part à la recherche de Sayaka. Kyubey revient à la vie, c'est la deuxième fois que Homura s'en prend à lui et il a compris qu'elle peut manipuler le temps. Homura lui répond qu'elle a bien l'intention de contrecarrer ses plans, lui qui porte aussi le nom d' « Incubator ».
Kyôko trouve Sayaka la première, mais c'est trop tard, Sayaka s'est abandonnée au désespoir et devient une sorcière, exactement selon les plans de Kyubey.