Épisode 1

Fujikido Kenji fait sa première tuerie : deux ninjas qui l'avaient attaqué en premier répondant au nom de Scatter et Offender.
Il repense ensuite à son épouse Fuyuko et son fils Tochinoki qui ont été tués par des ninjas et jure de les venger. C'est alors que lui apparâit l'esprit ninja Naraku, qui cherche aussi l'extermination des ninja. L'esprit vient s'implanter dans Ninja Slayer pur qu'ensemble ils atteignent leur objectif commun. Après être passé acheter un casse-croûte dans une supérette, Ninja Slayer se fait attaquer par un autre ninja, Myrmidon, qui veut l'éliminer pour avoir osé s'opposer à l'organisation Soukaiya.
Ninja Slayer, après un combat acharné, le tue.