Tome 7 : La guerre d'un homme

Contient les chapitres 41 à 48

Shinji démissionne de la Nerv, exécrant de continuer ainsi à piloter après ce qui est arrivé à Toji. Cependant quand il sort du QG, le Neuvième Ange apparaît et prend d'assaut la base. Asuka est envoyée au front tandis que Rei pilotera l'EVA-01.

Ryoji retrouve Shinji et le guide vers un refuge de la Nerv contenant même des vivres. Il lui narre son enfance depuis le Second Impact qui l'a laissé orphelin à quatorze ans avec son frère. En complicité avec cinq autres amis, ils tentaient de subsister tant bien que mal, sans foyer. Ils trouvèrent un camp militaire peu gardé et y volaient de la nourriture à tour de rôle. Un jour, Ryoji se fit prendre par des soldats qui le passèrent à tabac pour lui faire avouer l'emplacement de sa planque. Ryoji céda pour survivre et les militaires allèrent tuer son frère et ses amis. Par la suite, un parent éloigné le recueillit et lui permit d'aller à la fac, où il rencontra Misato. Depuis, il aspire à percer les secrets du Second Impact, comme pour se racheter auprès de ses amis et son frère morts. Il lui parle aussi du père de Misato, qui faisait partie d'une expédition au Pôle Sud où avait été trouvée la mystérieuse créature nommée Adam. Une expérience avait mal tourné, provoquant une gigantesque explosion et le Second Impact. Il s'était sacrifié pour sauver sa fille. Il veut faire comprendre à Shinji qu'il a réagi un peu comme lui, qui  sacrifié ses amis et son frère, en refusant de se battre contre l'EVA dans laquelle se trouvait Toji. Il ajoute que Le Third Impact risque de produire si un Ange entre en contact avec Adam.

Asuka est vaincue par l'Ange tandis que l'EVA-01 refuse de se synchroniser avec Rei et rejette aussi le Dummy Plug. Rei, dans l'EVA-00 endommagée, se rue vers l'ange avec une bombe pour une attaque suicide, jugeant être remplaçable, mais l'Ange réussit à s'en protéger et neutralise l'EVA-00. L'Ange progresse et s'introduit dans la Nerv. Il approche du central Dogma. Gendô tente de forcer l'EVA-01 à accepter le Dummy, sans succès et Gendô se demande si c'est l'esprit de Yui qui s'oppose à lui. Apparaissent alors sur ses écrans le visage de Shinji. Ce dernier revient au QG et reprend son poste de pilote. Il parvient à repousser l’Ange en dehors de la base, avec le soutien de Misato. Mais il tombe à court d’énergie avant d’avoir détruit l’Ange. Il implore de toutes ses forces l’EVA-01 de bouger quand soudain, l’EVA se réactive effectivement. Elle assimile des parties de l’Ange et se bat furieusement contre lui, tandis que le taux de synchronisation entre Shinji et l’EVA excède les 400%. L’EVA se met même à dévorer l’Ange, prenant ainsi possession du complexe 02.  Elle commence aussi à se débarrasser de certaines couches de métal la recouvrant. Ritsuko explique à Misato que l’EVA se débarrasse de pièces qui servait à brider sa puissance.

Une fois le calme revenu, les membres de la Nerv se préparent à faire transférer le commandement au deuxième centre, les dégâts sur le premier demeurant trop importants. Ritsuko prépare aussi le transfert du système MAGI. Il a fallu utiliser les équipements anti-Ange de la ville pour arrêter et immobiliser l’EVA-01, si bien que Misato se demande si ces équipements n’étaient pas prévus dès le départ à cet effet.

Les membres de la Seele voient d’un mauvais œil la tournure des événements et envisagent de prendre des mesures envers Gendô.

Ritsuko, son équipe et Misato constatent que le corps de Shinji n’est plus dans le cockpit et semble avoir fusionné avec l’EVA. Ritsuko va tenter de réintégrer le corps de Shinji et son esprit, à l’aide du MAGI.

La Seele pour sa part, va faire appel à un jeune homme gardé dans un liquide à travers un tube.

Shinji reprend connaissance, flottant immatériel dans l’EVA.