Tome 5 : Le tombeau

Contient les chapitres 27 à 33

Kaji Ryôji enquête sur l'institut Marduk, chargé du choix des pilotes d'EVA par le comité du plan de complémentarité de l'homme, mais il arrive dans une impasse en se renseignant sur l'une des sociétés affiliées, qui s’est révélée fictive comme une centaine d’autres.

Toji et Kensuke squattent chez Shinji en vue de leurs examens et découvrent qu'Asuka y a élu domicile. Celle-ci affirme qu'elle a suivi un ordre mais Misato qui rentre peu après dit à Shinji que c'est Asuka qui a tenu à s'installer ici. Kensuke remarque un nouveau galon de Misato, qui a été promue major et veut lui organiser une fête, qui célébrera aussi l'emménagement d'Asuka. Asuka invite Hikari, leur camarade de classe et la déléguée. Puis Ryôji se joint à eux à son tour et ils festoient toute la soirée, Shinji ne s'était jamais amusé à une fête ainsi. Ryôji fait ensuite sortir Misato pour qu'elle prenne l'air après avoir trop bu. Misato lui reproche de ne l'avoir jamais vraiment aimée, comme toutes les femmes avec qui il est sorti, la raison pour laquelle elle l'a quitté. Elle évoque le moment où son père s'est sacrifié pour la sauver lors du Second Impact et avoue à Ryôji qu'il lui ressemble un peu. Alors qu'ils sont sur le point de s'embrasser, Asuka les surprend, inquiète de savoir où ils étaient et repart dégoutée.

Rei de son côté, effectue des tests de synchronisation avec l'EVA-01 de Shinji.

Le jour suivant, Shinji apporte des photocopies des cours à Rei chez elle. Elle lui propose de rester un peu. Dans la discussion, quand Shinji parle de son père, Rei lui conseille de lui dire clairement ce qu'il pense.

Shinji se rend à la tombe de sa mère Yui pour l'anniversaire de sa mort et, à sa surprise, y croise son père. Il lui demande s'il aurait une photo d'elle mais Gendô répond ne garder que des souvenirs dans sa mémoire. Avant que Shinji réponde, Gendô lui recommande fortement de ne pas chercher à le suivre et trouver sa propre voie, estimant qu'il à l'âge de se débrouiller seul.

Un nouvel ange apparaît, flottant dans les airs et s'abattant au sol tel une météorite. Appliquant le plan de Misato, Shinji, Asuka et Rei partent au combat. Shinji, d'humeur maussade, a un temps de retard. Il se place sous l'ange et active son AT Field pour réceptionner l'ange avant qu'il s'écrase sur le QG de la Nerv. Rei et Asuka viennent en renfort et détruisent le cœur de l'Ange.

Gendô de son côté, était parti pour le Pôle Sud, il est informé de l'attaque du septième Ange. Il n'en reste plus que cinq.

Soudain, une coupure générale de courant se produit à la Nerv. Misato se retrouve coincée dans un ascenseur avec Ryôji. Rei connaissant par cœur les lieux, guide ses deux coéquipiers vers le poste de contrôle où se trouvent Ritsuko, et trois opérateurs, Aoba, Maya et Hyûga. Ritsuko soupçonne que quelqu'un ait provoqué la panne en interne mais elle ne peut prendre le commandement à la place de Misato. Asuka embarque Shinji pour aller la chercher.

Ryôji raconte à Misato que leurs années ensemble à la fac furent les plus heureuses de sa vie. Celle-ci casse toutefois l'ambiance, disant qu'elle a un besoin pressant. Ils tentent alors de sortir par la trappe du haut, Ryôji portant Misato sur ses épaules.

En chemin, Asuka demande à Shinji s'il sort avec Rei mais il dément aussitôt. Elle dit en effet qu'il serait trop lâche pour embrasser une fille. Shinji s'indigne et elle le met au défi d’essayer avec elle. L'électricité se rétablit, Misato et Ryôji se cassent la figure et les portes de l'ascenseur se rouvrent devant Asuka et Shinji qui allaient s'embrasser.

Le jour suivant, Shinji se rend à la Nerv et croise Misato, l'air sévère. Elle arrête Ryôji qui se dirigeait au Terminal Dogma. Elle sait qu'en plus de son poste d'agent de contrôle à la Nerv, il travaille en tant qu'inspecteur spécial pour le ministère de l'intérieur. Elle le met en garde de ne plus tenter ainsi de les rouler. Il rétorque que Gendô est parfaitement au courant de son statut et lui révèle un secret que Gendô et Ritsuko lui cachaient : le corps d'Adman, le premier Ange, entreposé crucifié dans le Terminal. Shinji qui avait suivi Misato, est hébété en voyant ça.

En fin de journée, Misato demande à Shinji d'oublier ce qu'il a vu tantôt. Le lendemain, sur le chemin du retour après son entraînement à la Nerv, Shinji croise Ryôji qui lui propose de le déposer en voiture. Il fait un crochet par l'aquarium pour discuter et décide de lui révéler la vérité. Il lui apprend que Gendô connaît probablement tout le déroulement des événements à l'avance, d'autant que les Anges ne semblent viser que Tokyo-3. Derrière lui se trouve la Seele, une organisation secrète qui finance la Nerv et qui opèrerait depuis l'Antiquité. Elle détiendrait aussi le Manuscrit de la Mer Morte en lequel serait écrite toute l'histoire de l'humanité. Ryôji lui dévoile aussi que Yui était une ingénieresse en biotechnologie qui a élaboré les EVA. Lors d'un test du premier prototype, les choses ont mal tourné et elle trouva la mort. Shinji ignorait l'implication de sa mère, on lui avait fait croire qu'elle était une femme ordinaire morte dans une expérience de Gendô. Cela lui ravive des souvenirs de qu'il avait refoulés, où il avait accompagné ses parents au laboratoire de la Nerv quand il était petit.

Rei dans son EVA, plante la Lance de Longinus en pleine poitrine d'Adam, selon les ordres de Gendô dans le cadre du projet Adam.