Tome 2 : Le couteau et l'adolescent

Contient les chapitres 7 à 12

Shinji emménage chez Misato et découvre le quotidien désordonné de celle-ci. Elle vit aussi avec un pingouin d'eau chaude nommé Pen-Pen.

Shinji commence ensuite sa vie dans son nouveau collège. Très vite, la rumeur se répand auprès de ses camarades concernant son statut de pilote. Il s'attire l'enthousiasme des uns mais aussi les foudres de l'un d'entre eux, Suzuhara Toji, qui lui reproche que sa petite sœur en ce moment hospitalisée a failli être tuée dans les dégâts qu'il a causé lors de son combat contre l'Ange. Shinji lui présente des excuses mais son flegme énerve Toji, que son ami Aida Kensuke tente de calmer.

Shinji suit un entraînement au pilotage de l'EVA mais le soir, Misato lui reproche de ne pas suivre assez les instruction. Quand il répond qu'il ne pilote pas par plaisir, elle le gronde pour son attitude qui ne convient pas quand le sort de l'humanité est en jeu, mais Shinji perd patience et sort s'aérer.

Une nouvelle attaque d'Ange se produit, tandis qu'Ikari Gendo était absent. Misato assure le commandement à sa place et elle envoie Shinji au combat. Les camarades de Shinji ont été évacués comme les autres habitants dans des abris, mais Kensuke, fan de tout ce qui touche à l'armée, décide de sortir pour filmer l'affrontement, suivi de Toji.

Le combat se passe mal, l'Ange sectionne le câble ombilical qui alimentait en énergie l'EVA de Shinji, le laissant avec moins de cinq minutes d'autonomie. L'Ange dispose de deux fouets énergétiques avec lequel il frappe l'EVA. Shinji se rend compte alors que ses deux camarades sont dehors. Pour les placer en sécurité, il les fait entrer dans l'Entry-Plug sans autorisation et lutte contre les assauts de l'Ange, en dépit de l'ordre de retraite de Misato. L'Ange lui loge ses deux fouets dans le flanc, mais Shinji est arrivé à portée de bras d'EVA pour planter son couteau progressif dans le cœur de l'Ange et le tuer.

De retour au QG, Misato passe un savon à Shinji pour son insubordination qui aurait pu coûter très cher. Le garçon rétorque que seule la victoire importe et qu'il se doute bien que Misato l'a fait emménager chez elle pour le surveiller et non pas par compassion. Elle le gifle alors.

Shinji fait une fugue. Toji constatant l'absence de Shinji en cours, se demande ce qu'il lui arrive, Kensuke lui propose de poser la question à Ayanami Rei, qui est aussi dans leur classe, mais les deux se sentent trop mal à l'aise face à elle.

Shinji errait, se sentant vide et désemparé à l'idée de ne jamais s'investir à fond et décevoir les autres. Il croise Kensuke dans une plaine, qui se faisait une simulation de guerre seul. Kensuke le complimente sur ce qu'il a accompli en tant que pilote mais arrivent alors des membres de la sécurité de la Nerv venus récupérer Shinji.

Après ces deux jours de disparition, Misato indique à Shinji de rentrer vivre chez son oncle qui s'occupait de lui et s'excuse de l'avoir forcé à endosser un tel rôle. Continuer dans cet état d'esprit serait néfaste pour tous. Gendô, à son retour, opte avec Ritsuko pour adapter l'EVA-01 à Rei, à défaut de nouveau pilote en tant que Fourth Children.

Toji et Kensuke se rendent chez Misato pour prendre des nouvelles de Shinji et apprennent pour son départ. Ces derniers regrettent et ajoutent que Shinji, habituellement détaché et intériorisant ses émotions, semble s'être battu en exprimant un sentiment de révolte. Misato repensant aussi aux paroles de Shinji, se rue vers la gare.

Elle arrive à temps avant le démarrage du train de Shinji et lui confie qu'elle avait sauvé PenPen, cobaye promis à une mort certaine car elle éprouvait le besoin d'avoir quelqu'un pour l'attendre chez elle. Si elle l'a hébergé, c'est aussi dans cette volonté de vivre comme en famille. Shinji lui avoue alors qu'il n'avait aucune envie de retourner dans sa ville natale. Les deux se réconcilient et Shinji va rentrer avec Misato.