Tome 11 : La mémoire des mains

Contient les chapitres 71 à 76

Kaoru croise Rei dans un couloir, laquelle a la sensation qu'ils sont similaires mais Kaoru lui précisent qu'ils se différencient sur leurs rencontres.

Il rejoint ensuite Shinji qui a reçu un message d'adieu de la part de Kensuke, leur lycée ayant été détruit. Kaoru se place en dernier possible ami qu'il reste à Shinji, mais celui-ci continue de le dénigrer et ajoute qu'il ne préfère plus se faire d'amis si c'est pour tous les perdre.

Gendô exige des explications de la part de Ritsuko concernant la destruction du Dummy Plug, laquelle lui dit qu'elle ne prenait plus de plaisir dans ses bras. Gendô manifeste seulement sa déception et s'en va. Il récupère l'embryon d'Adam et l'avale.

Kaoru est convoqué au Comité de la Seele. Ils veulent hâter leurs plans pour contrer Gendô. Ils aspirent à faire renaître en tant que véritables fils de dieu l'humanité actuelle, Lilin, ne faisant que s'entre-déchirer à travers les âges.

Hyuga Makoto transmet à Misato les informations découvertes par Maya concernant Kaoru: né à la même période que le Second Impact,  il peut choisir à sa guise son taux de synchronisation avec les EVA. Misato interroge ensuite Ritsuko qui lui apprend que Kaoru est probablement né en tant que dernier Ange et que les humains ont tenté de réduire Adam à l'état d'œuf avec la lance de Longin avant l'éveil des autres Anges, ce qui provoqua le Second Impact.

Kaoru se rend dans le hangar de l'EVA 02 et l'active en le contrôlant sans même entrer dans l'Entry-plug. Lui et l'EVA se dirigent vers le Terminal Dogma. Gendô envoie Shinji l'arrêter. Devant combattre l'EVA-02, Shinji ne parvient à empêcher Kaoru d'atteindre le Terminal Dogma. Il constate aussi que Kaoru dispose d'un AT-Field, Kaoru précise que l'AT-Field n'est autre que la barrière mentale que dresse chaque être humain. Kaoru constate que ce qui était gardé ici n'est pas Adam mais Lilith de la Lune Noire, attendant un successeur. Shinji neutralise l'EVA-02 et menace Kaoru. Celui-ci lui révèle que même après un Third Impact, cela n'annihilera pas l'humanité qui survivra sous forme unifiée et harmonieuse, ce que Kaoru suppose correspondre à l’idéal pour lequel se bat Shinji. Cependant, il décide de ne pas accomplir le dessein de la Seele, bien qu'il soit né pour ça, et demande à Shinji de le tuer, puisque la Seele l'éliminera s'il ne leur obéit pas. Shinji hésite, tiraillé par cette requête mais Kaoru la présente comme sa dernière volonté. Shinji via l'EVA-01 l'empoigne et accomplit sa demande, sous le regard de Rei qui s'est introduite dans le Terminal.

Après ça, Shinji reste seul, désemparé et confus sur ce qu'il veut réellement défendre dans ce monde. Il se rend compte qu'il éprouvait une attirance pour Kaoru mais il n'avait plus le cœur à créer de nouvelles amitiés. Il rentre ensuite avec Misato et lui fait savoir qu'il ne veut plus combattre.

Gendô et Fuyutsuki font le point sur la situation, en présence de Rei. Ils savent que Kaoru n'aurait pas pu en l'état provoquer le Third Impact au contact de Lilith car il lui manquait la Lance de Longin et le cœur de Lilith.

Shinji rend visite à Asuka, toujours dans un état second et essaye de raviver sa conscience, se sentant terriblement seul et ayant besoin d'elle. Mais Asuka finit par essayer de le tuer, hurlant sa haine de tous. Les médecins et infirmières viennent arrêter Asuka et lui administrant un sédatif.

Misato infiltre des serveurs de la Nerv et découvre que le Plan de Complémentarité de l'homme nécessite treize EVA pour s'accomplir. Soudain, un piratage de grande envergure du Magi System s'enclenche. Misato rejoint la salle des commandes mais c'est Ritsuko qui parvient à contrer le piratage informatique. La Seele, voyant qu'elle n'a pas pu prendre le contrôle de la Nerv informatiquement, lance ses troupes prendre d'assaut physiquement le QG. Misato donne la priorité à la protection des pilotes car si la Seele vise les EVA, ce sont les pilotes qu'ils tueront en premier.

Les troupes d'intervention de la Seele on feu vert pour éliminer les pilotes, même les non-agressifs.