Tome 4 : La bataille finale

Ruri révèle à son équipage la vraie nature des Jupiteriens: ils sont en fait des humains à part entière qui viennent d'une dimension parallèle, réfugiés dans le système solaire suite à l'explosion de leur Soleil. Mais ils cherchent à dominer les Terriens, ce contre quoi s'était opposée la reine Himiko qui avait en conséquence introduit la technologie des Yamato sur Terre, afin de leur permettre de se défendre. Et Ruri était justement autrefois au service de Himiko, c'est pourquoi elle se bat aux côtés des terriens. Mais les terriens cherchent à présent à s'emparer pleinement de la technologie des Yamato. C'est pour ça qu'aux yeux du grand public, les Yamato sont dissimulés sous l'identité d'extra-terrestres.

Le Nadesico est rattrappé par le Kaguya mais contre toute attente, le Kaguya est venu se joindre au Nadesico contre les Yamato. On découvre alors que Ruri a une jumelle qui porte le même nom qu'elle (probablement sa jumelle terrienne).
Les Yamato arborent à présent comme chef suprême Yurika, ou plutôt Himiko ressuscitée. Ils cherchent à s'emparer de l'Épée de Kusanagi, une arme antique utilisée jadis par les Yamato qui se trouve actuellement en station Lunaire. Cette dernière est donc la cible de toute les attaques Yamato. Avant d'être détruite, l'épée de Kusanagi a été lancée vers le Nadesico, afin qu'elle ne tombe pas aux mains des Yamato.
La bataille finale approche et cette fois, c'est toute la flotte de l'Alliance Terrestre qui a rejoint le Nadesico et le Kaguya, équilibrant davantage les forces.
Akito s'introduit à l'intérieur du TakamaGahara jusqu'à la salle où se trouve Yurika grâce à l'aide de Garvernment. Là, il est confronté à Susa-no-Ô, son double Yamato. Ce dernier s'empare de la pierre incurvée de pilote d'Akito, mais ce dernier parvient à le vaincre, tandis que Garvenment secoure Yurika. Ils s'enfuient vite fait bien fait.
Dernière attaque des Yamato: Susa-no-Ô utilise le Dragon de Feu l'arme ultime prévue initialement pour recueillir l'énergie d'une étoile. Akito à bord de son Aesti Valis combat en brandissant l'épée de Kusanagi: il conclut cet assaut final et met fin à des guerres millénaires.