Épisode 4 : Le choix

Suite à l'échec des quatre pilotes d'élite, Sidonia tire au canon quantique sur le Gauna mais l'impact n'est pas suffisant pour le faire dévier de sa trajectoire, droit vers Sidonia. Kobayashi ordonne en conséquence de lancer l'accélération de Sidonia pour esquiver le Gauna. L'alerte d'urgence retentit dans toute la cité mais bon nombre d'habitants n'ont pas pu s'attacher aux rampes de sécurités et meurent dans la manoeuvre. Mais Sidonia a pu éviter la collision avec le Gauna. Toutefois, le Gauna change de cap pour viser à nouveau Sidonia. L'armée forme alors la ligne de défense de Sentinelles avec tous les pilotes en état de combattre, menée par Samari. Une escouade de récupération est formée pour aller récupérer l'un des Kabizachi des pilotes d'élite morts au combat, qui n'est pas encore hors d'atteinte. L'escouade est composée de Tanikaze Nagate, Hoshijiro Shizuka, Kunato Norio et Honoka Ren. La mission se déroule sans encombre mais le Gauna se met à se diriger vers eux et tire sur leur formation en carré. Ils se séparent et évitent l'explosion mais chacune de leur Sentinelle est gravement endommagée. Les propulseurs de Shizuka deviennent hors de contrôle, la forçant à s'éjecter avant que sa Sentinelle n'explose.
Nagate s'empare du Kabizashi récupéré et fonce vers le Gauna. Il esquive un autre de ses tirs à particules Higgs et transperce le crâne du Gauna, l'éliminant définitivement. Il part ensuite récupérer Shizuka à la dérive mais il va atteindre le point de non-retour où il ne pourra plus rejoindre Sidonia.