Tome 1

Kenshin Himura, dans son vagabondage vers Tokyo, se retrouve impliqué par erreur dans un tournoi de samurai. Il y fait la rencontre de Kaoru Kamiya, une jeune kendoka qui se bat pour sauver son dojo, l'école de l'«Esprit Vivant». Sans le sous, elle est forcée de participer à ces tournois pour racheter la propriété de son dojo à Kanryu, riche propriétaire qui aurait voulu le saisir. Yahiko, jeune garçon informateur de Kanryu, fait comprendre à Kaoru que Kanryu ne la lâchera pas même après avoir rempli sa part du marché, l'argent qu'il se fait sur les paris pendant le tournoi étant une trop bonne aubaine pour lui.
Kanryu innove en lançant les combats nocturnes auxquels Kaoru et Kenshin vont concourir. Tous les participants devront affronter Kanryu et sa mitrailleuse Gatling. Il leur tire joyeusement dessus, heureux de pouvoir mépriser les samurais qui l'ont toujours regardé de haut auparavant. Kenshin, qui se révèle être Battosai, légendaire assassin qui avait oeuvré il y a dix pour l'instauration du nouveau régime, esquive les balles de la mitrailleuse et assomme Kanryu.

Kanryu ne compte pas en rester là et engage toute une ribambelle d'assassins pour tuer Kenshin. Le premier, Sanosuke Sagara, n'est pas tant un assassin mais plus un fan de baston qui jubile à l'idée de se battre contre quelqu'un d'aussi fort que Kenshin. La puissance physique de Sanosuke est plus grande mais Kenshin l'emporte grâce à sa vitesse. Sanosuke, qui s'était engagé à remplir l'un des souhaits de Kenshin s'il perdait, respecte son marché et fait ce que Kenshin lui a demandé : employer sa force pour aider les autres.
Deux autres assassins approchent le dojo sans attaquer tout de suite. Jinne, tueur sadique et Hajime Saito. Tous deux étaient du Shinsengumi et du côté des conservateurs, ils avaient déjà combattu Kenshin alias Battosai, dix ans plus tôt. Bien qu'ils ne soient aps encore intervenus, Kenshin a senti leur présence menaçante autour du dojo Kamiya.

Quelques temps plus tôt, avant de rencontrer Kaoru, Kenshin était passé par Yokohama. Il y fit la connaissance de Dankichi Asahiyama, un porteur de pousse-pousse qui aidait le docteur Elder Peaberry, médecin occidental masqué soignant les pauvres. Kenshin sauva le médecin d'une agression des hommes de main de Deian Ishizu, un médecin japonais qui blâmait Elder pour la concurrence déloyale qu'il lui faisait.
Kenshin découvrit ensuite qu'Elder était une femme travestie cachant son identité. En effet, partout où elle a pu aller dans le monde, les femmes médecin subissaient la discrimination cause du machisme très prononcé dans le métier. De plus, elle souhaitait mettre ses compétences au service de ceux qui ne pouvaient pas se payer des soins, normalement très onéreux.
Ishizu décida d'envoyer un assassin, Espiral Rotación pour en finir avec Elder. Il commença par piéger Elder en lui faisant croire à un appel d'un patient. Heureusement, Kenshin arriva à temps pour la sauver. Espiral Rotación se tourna vers Kenshin, heureux de pouvoir affronter un authentique samurai, ces épéistes très renommés dans le monde. De plus, il reconnut la cicatrice de Kenshin, prouvant qu'il s'agissait du légendaire assassin Battosai. Kenshin gagna contre lui et Ishizu fut arrêté.
Une fois le calme revenu, Elder se prépara à partir pour l'Amérique. Ses patients japonais vinrent lui faire de chaleureux au revoir. Elder proposa à Kenshin de partir avec elle, mais il refusa poliment. En observant la cicatrice de Kenshin, Elder lui conseilla de prendre le temps un jour si l'occasion se présentait de se reposer dans un foyer pour soigner ses blessures du coeur.