Épisode 1

Gintoki le dernier des samurai, Shinpachi son apprentie et Kagura membre du plus puissant clan extra-terrestre les Yato, trois hommes à tout faire formant l'agence Yorozuya, ont une altercation avec un groupe de samurais qui croyaient qu'ils les espionnaient. Mais le malentendu est levé quand ils se rendent compte que les trois mercenaires devaient retrouver un chat égaré.

Plus tard, quatre homme, Kariya, le prêtre Shimura et les deux sbires Shikei et Puu, complotent avec des Amanto pour la construction de machines qui leur permettrait de prendre le contrôle de Tokyo. La force policière du Shinsengumi vient perquisitionner leur repaire mais les quatre hommes ont fui avant leur arrivée. Le Shinsengumi trouve seulement un plan des machines.

Le Yorozuya reçoit la visite d'un rônin nommé Kato Ken venu requérir leurs services pour récupérer trente millions de yens. Après avoir été renvoyé du groupe Madogiwa, il a été victime d'escroquerie, a perdu sa maison et a été quitté par son épouse et sa fille. Puis un événement s'est produit mais il ne leur racontera qu'après le travail fait.
Tous se rendent chez Otose, la propriétaire des locaux de Yorozuya qui tient aussi un bar avec son employée Catherine, pour lui demander une idée de comment gagner tant d'argent. Puis ils tombent sur Sarutobi Ayame, ancienne kunoichi d'élite. Mais sans succès pour trouver comment remporter une grosse somme rapidement.
C'est alors qu'ils croisent Shikei et Puu qui raillent Kato pour s'être fait arnaquer. Kato décide de changer de requête et demande aux Yorozuya de l'aider à devenir plus forts.
Gin prend Shikei et Puu en filature, ce qui le conduit à l'ambassade des Amanto. Il tombe sur Katsura Kotarou, appartenant au groupuscule Jouishi anti-Amanto qui lui fait part des rumeurs sur une menace pesant sur Edo. Puis Gintoki se retrouve confronté à Shimura, qui le prend pour un membre de Jouishi. Ils commencent à se battre.
Pendant ce temps, Shinpachi, Kagura et Ayame tentent de former Kato Ken mais sans succès car ils n'ont aucun esprit pédagogique. Kato Ken préfère abandonner.