Épisode 2 : SA: Révolte de l'au-delà

Les industries Kenbishi fabriquent de nouveau modèles d'engins de guerre pour le compte de l'armée. Mais lors d'une séance de test final, l'un des engins devient hors de contrôle, attaquant et détruisant les autres. La Section 9 est mise sur l'affaire, leur plan sera de tendre une embuscade au mecha en question qui ne semble s'attaquer qu'aux autres robots et non pas aux humains. Motoko, à l'aide de ses robots de guerre Tachikouma est chargée d'attirer la cible pour la conduire au lieu voulu. Une fois le robot arrivé, Saito placé en sniper lui tire dessus.
Aramaki enquête auprès des dirigeants de Kenbishi pour apprendre comment fonctionnent les robots afin de les mettre hors d'état de nuir le plus vite possible. Togusa et Ishikawa interrogent Ooba Toshio, le co-concepteur des robots pour découvrir quelle a bien pu être la faille. Apparemment le robot incontrôlable utiliserait le nom de code d'un employé de l'usine décédé une semaine auparavant: Takeshi Kago, concepteur original des nouveaux engins de guerre.
Le Major, Batô et les Tachikoma continuent la poursuite de l'engin que rien ne semble pouvoir arrêter.
Finalement, Ooba avoue la vérité à propos de Takeshi: ce dernier couvait une maladie incurable depuis son enfance qui le condamnait à mourir à l'âge de vingt ans. Seule la cybernétique aurait pu lui permettre de prolonger sa vie de quelques années mais ses parents, très pieux, refusèrent de laisser faire une telle opération. Takeshi avait laissé comme dernière volonté à son ami Ooba qu'à sa mort son cerveau soit connecté à l'Intelligence Artificielle de l'un des modèles d'engin de guerre nouvellement créé. Le directeur de Kenbishi a également consenti à confier les données de construction à Aramaki pour leur permettre d'arrêter la machine en cavale.
Takeshi arrive finalement à la maison de ses parents mais la section 9 réussit à le stopper grâce à des jets de colle surpuissant qui le paralysent. Le Major déconnecte le cerveau de Takeshi de la machine. Pendant l'opération, elle est témoin d'une partie de la mémoire de Takeshi et comprend que ce dernier voulait se montrer sa nouvelle apparence à ses parents et non pas les attaquer.