Tome 1

Contient les chapitre 1 à 7

Dans un laboratoire top secret est enfermé un Diclonius, être humain que la nature a doté de caractéristiques hors normes. Nommé Lucy, elle est enfermée sous haute protection et il est interdit de l'approcher à un périmètre de deux mètres. Représentant une menace pour l'humanité, elle y est retenue pour servir de cobaye.

Kôta, nouvellement étudiant, emménage chez sa tante habitant près de Kanagawa, qui l'héberge afin qu'il puisse aller à l’université à Tokyo. Sa cousine Yuka qu'il n'a pas revue depuis l'enfance, vient le chercher, mais il ne se souvient presque pas d'elle.

À cause de la mégarde d'un agent de sécurité, Lucy parvient à se libérer de sa cellule.  Elle tue quiconque sur son passage, dont Kisaragi, la secrétaire de Kurama qui devait assurer le transfèrement de Lucy. Elle réussit à s'enfuir du centre, mais une balle tirée sur son casque la fait tomber d'une falaise.

Kôta et Yuka se baladaient sur la plage quand ils voient une fille, nue, avec des cornes sur la tête, errer en détresse. Ils la recueillent là où Kôta logera, un ancien restaurant de la famille qu’il devra entretenir en guise de loyer. L’inconnue pouvant dire que "Nyu", ils la nomment ainsi. Kôta repense à sa sœur Nanae décédée qui aurait eu le même âge qu’elle, dont il garde un coquillage en souvenir. Nyu, voyant l’air triste de Kôta brise ce coquillage. Kôta s'énerve et chasse Nyu de la maison.

Kurama engage des membres du S.A.T. (Special Assaut Team), pour traquer et éliminer Lucy. Parmi eux, Bandô, assassin particulièrement pressé de pouvoir déployer ses compétences.

Kôta et Yuka retrouvent Nyu sur la plage, qui semble-t-il cherchait un autre coquillage pour remplacer celui qu'elle a cassé. Soudain Yuka et Kôta se font assommer par Bandô et son équipe. Ils attaquent ensuite Nyu, qui n'est autre que Lucy, et la poussent dans ses retranchements. Elle réplique alors, se servant de ses bras invisibles supplémentaires pour les tuer. Bandô est excité par le duel au début mais il est vaincu. Lucy lui arrache un bras, lui casse l'autre et lui crève les yeux.

Pendant ce temps, Kôta et Yuka ont été secourus. À l'hôpital, l'inspecteur de police affirme à Kôta qu'ils n'ont trouvé personne d'autre sur la plage.

Lucy allait tuer Bandô mais sa personnalité douce reprend le dessus et elle fuit. Une fillette dehors la voit et se rend sur la plage. Découvrant Bandô grièvement mutilé, elle lui prodigue des premiers soins et appelle les urgences, tandis que l'assassin jure de se venger de Lucy. Elle trouve un parapluie par terre avec écrit dessus Villa Kaede, là où habite Kôta.

Nyu est revenue chez lui et Kôta qui était de retour chez lui et la fait rentrer dans la maison. La voyant débraillée et incapable de se vêtir elle-même, il commence à s'occuper d'elle.  Yuka, sur le chemin pour rentrer aussi, pense à Kôta pour qui elle éprouve de l'attirance mais elle s'aperçoit qu'elle a oublié de lui laisser les clefs de la maison. Rebroussant chemin et revenant à la maison, elle le trouve en train d'essayer d'habiller Nyu.