Épisode 1

Mato Kuroi entre tout excitée au collège. Elle fait la connaissance de Yomi Takanashi, une de ses camarades de classe. Elle l'aborde et sympathise avec elle. Yomi a vécu quelques années en Allemagne et a souvent déménagé, ce qui l'a toujours empêchée de se voir faire des amis. Progressivement, elle et Mato vont devenir de très bonnes amies.
Mato et Yomi s'inscrivent respectivement dans le club de basket de volley ball, où elles brillent chacune. Elles déjeunent ensemble, se retrouvent après les cours, s'aident pour leurs devoirs (enfin surtout Yomi aide Mato)... Tout se passe à merveille.

Dans un monde alternatif où tout semble en ruine, Black Rock Shooter, une jeune fille portant un énorme canon sur son bras, rejoint Death Master, une jeune fille se battant avec une faux géante et contrôlant par télékinésie des crânes géants. Death Master livre combat contre Black Rock Shooter.

Mato et Yomi entrent en cinquième mais la déception est au rendez-vous lorsqu'elles voient qu'elle ne sont plus dans la même classe. Elles se promettent tout de même de continuer à se voir régulièrement.
Cependant, inéluctablement Mato va se rapprocher d'autres personnes de sa classe, notamment Yû, la manager de son club de basket ball. Tandis que Yomi la regarde avec envie et semble rester seule, en retrait.

Dans l'autre monde, le combat a fini par tourner en la défaveur de Black Rock Shooter qui se retrouve désarmée.

Les jours passent, Mato continue bien évidemment à voir Yomi mais cette dernière sent que Mato vole de ses propres ailes.
Un jour, Yomi n'a pas attendu Mato pour rentrer du collège après les cours. Mato rentre seule, troublée de cette absence. Le lendemain, un avis de recherche a été lancé: Yomi n'est pas rentrée chez elle. Mato se précipite chez elle et y rencontre des policiers qui l'interrogent sur Yomi. Mato n'en dort plus tellement elle s'inquiète.

Dans l'autre monde, Black Rock Shooter finit par retourner la situation et acculer Death Master au bord d'un précipice. Elle la retient pourtant dans ses bras pour l'empêcher de tomber. Death Master s'extirpe sur corps qu'elle occupe et disparaît en poussière. Reste dans les bras de Black Rock Shooter, une jeune fille qui est manifestemment Yomi, le regard serein.

Dans le monde normal, Mato décide finalement de se rendre à la petite falaise dans la ville où elle et Yomi avaient l'habitude de passer pour observer les levers et couchers de soleil. Là elle retrouve par terre le strap qu'elle avait offert à Yomi l'an passé. Soudain, une aura de magie apparaît tout autour d'elle, une voix s'adresse à elle. Mato répond qu'elle veut absolument retrouver Yomi. Se présente alors à elle Black Rock Shooter qui fusionne avec elle.