Tome 2

Ah Tabai fait passer une épreuve à Edward dans laquelle il lui laisse dix tentatives pour essayer de l'atteindre comme s'il voulait le tuer. Edward réussit après cinq échecs et il est alors accepté en tant qu'Assassin.

Le pirate devenu assassin retourne à Nassau, la ville des pirates. Edward Thatch alias Barbe Noire l'avertit de l'attaque imminente de flotte anglaise. Il propose de couler le bateau avec la tête pensante, ce qui permettrait de mettre les autres en déroute. Edward s'en charge; il s'infiltre sur ce bateau et tue le commandant qui se trouve être Julien de Casse.
En fin de journée, Edward contemple le rivage et Kidd le rejoint. Edward s'étant aperçu que Kidd était une femme habillée en homme, lui demande la raison de son travestissement mais Kidd évince la question.

Hornigold se dispute violemment avec Thatch car il voudrait accepter l'amnistie proposée par les Anglais contrairement à Thatch, farouchement opposé à l'idée de perdre sa liberté. Edward se range plutôt du côté de Thatch. Soudain la flotte anglaise débarque sur Nassau avec un autre chef: Woodes Rogers. Il confirme que tout pirate qui se rendrait serait amnistié et bien traité. Et ceux qui choisiraient les armes seront abattus. Il leur laisse trois jours de réflexion. Thatch reste déterminé à lutter cependant, plusieurs de ses hommes se désistent. Il prépare toutefois l'assaut avec un groupe d'homme qui lui sont fidèles. Edward et Adewalé se joignent à lui. Après le délai, l'affrontent entre les Anglais et les pirates réfractaires commence mais au milieu combat, Thatch jette Edward et Adewalé à l'eau pour qu'ils ne meurent pas dans ce combat vain.

Masato panique à cause intensité des combats qu'il vit à travers le regard de son ancêtre et il subit lui-même des blessures. Il est envoyé en salle de repos. Là, Saejima lui donne discrètement une lame secrète d'assassin.

Le temps passe, Edward s'est réfugié chez les Assassins. Kidd le retrouve et lui apprend que Thatch est tombé au combat. Hornigold a accepté l'amnistie et pourchasse même les pirates. Edward, en colère, part le retrouver, il le tue et revient après. Les Assassins ont capture un pirate, Bartholomew Roberts, qui connaît l'emplacement de l'Observatoire. Toutefois, l’homme semble peu coopératif et rappelle le pouvoir immense qu’octroierait l’Observatoire. Edward rétorque que ce serait une corvée sans fin de devoir contrôler tous les humains. Il n’a plus guère d’intérêt pour cette technologie cependant, Torres reste une menace. Kidd a récupéré un peu de sang de Torres au moment de la libération de Bartholomew, indispensable pour contrôler une personne depuis l’Observatoire ; il compte l’utiliser exceptionnellement. On les avertit de l’attaque imminente des Templiers contre leur repaire. Edward emporte le crâne de cristal pour tracer la piste de Torres et le tue.

Saejima arrache Masato à l’Animus et menace de le tuer. Il exige que soit libérée Christine et demande qu’on leur prépare un camion. La cheffe des Templiers obtempère au début mais elle tue Christine au dernier moment. De nombreux assassins infiltrés au sein d’Abstergo se révèlent et attaquent les Templiers. Masato fuit tandis que Saejima et la cheffe des Templiers s'entretuent.
Au loin, Masato est rejoint par son père qui lui apprend que les Yagyû dirigent la branche japonaise des Assassins. Christine était une Templière chargée d’éliminer les Assassins mais leur amour mutuel lui a fait changer de camp. Masato refuse de communiquer à son père l’emplacement de l’Observatoire, qui l’attaque. Grâce à l’expérience d’Edward au combat, Masato gagne contre son père. Il s’en va en comptant se débarrasser des Templiers et des Assassins et mettre fin à leur guerre.